Juan est l’archétype du typique défenseur brésilien : malgré un physique tout sauf impressionnant, il règne dans sa surface de part son intelligence de jeu et ses pieds tout sauf carrés. Malheureusement trop fragile, ses performances sont tirées vers le bas par des blessures à répétition qui l’empêchent de s’exprimer à fond. Mais lorsque Juan est en pleine forme, son sens tactique et son placement n’ont que peu d’égal dans le monde du football.

Juan démarre sa carrière à Flamengo où il joue durant six années avant d’intégrer l’équipe nationale brésilienne. Il tape dans l’œil de nombreux recruteurs européens et s’envole pour le Bayer Leverkusen l’été 2002 où il s’impose comme un des meilleurs défenseurs du championnat allemand. Juan se fait également sa place en équipe nationale durant ses cinq années de vie allemande. Il participe à la Coupe du Monde 2006 avec la Seleçao et expose son talent malgré la piètre forme des individualités l’entourant. L’année suivante, il remporte la Copa America en tant que capitaine, en l’absence de Gilberto Silva en finale face à l’Argentine. Le même été, Juan s’engage pour 7M d’euros avec l’AS Roma. Venu remplacer Christian Chivu, parti pour l’Inter, il fera vite oublier ce dernier faisait paire avec Mexes ou Burdisso dans l’axe de la défense giallorossa. C’est un joueur très utile sur les phases arrêtées offensives et malgré les blessures, il réussit toujours à impressionner quand il est en pleine possession de ses moyens. Avec le Brésil, il participe à la Coupe du Monde 2010 où il marque même en huitièmes contre le Chili. Cependant, ces derniers temps, il est parfois victime de sautes de concentration qui lui font faire quelques boulettes, il quitte la Roma l’été 2012 pour rentrer au pays du côté de l’Internacional.